《表3 济麦22与良星99的纯合SNP位点统计》

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《小麦主栽品种济麦22与良星99的基因组序列多态性比较分析》

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利用Illumina Hi Seq2500分别对济麦22和良星99进行了全基因组测序，分别获得了88 Gb和128Gb的重测序数据。通过和中国春参考基因组序列（IWGSCv1）进行测序数据的比对并去除重复序列，选择“唯一最优匹配”的读段进行后续分析，最终两品种的平均覆盖深度均为5.8×。经过SNP calling分析，济麦22和良星99中分别鉴定出15，326，314个与15，060，004个和中国春参照基因组不同的高质量纯合SNP位点，约占全基因组的0.109%和0.107%（表3）。其中，A、B基因组中的SNP的频率（0.130%～0.155%）明显高于D基因组（0.0224%～0.0225%）。两品种间基因型不一致的纯合SNP位点仅占总SNP位点个数的9.8%，即超过90%的SNP是两个品种间共有的。同时，在济麦22和良星99中分别鉴定出1，143，512与1，118，564个的In Del位点（表4），分别占全基因组的0.0813%和0.0795%。与D基因组，A、B基因组中鉴定出的In Del频率更高。济麦22和良星99间差异的In Del多态性位点占鉴定出的In Del位点总数的11.8%。