《表1 测序方案：恶臭假单胞菌的正丁醇耐受性驯化及比较基因组学分析》

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《恶臭假单胞菌的正丁醇耐受性驯化及比较基因组学分析》

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注：其中ARTP10s代表经ARTP诱变和正丁醇驯化后的样本，WT为野生型样本，WTn-butanol代表WT经正丁醇驯化后样本。

利用Illumina Hi Seq测序平台进行全基因组重测序，根据制造商所给方案进行二代测序样品库的构建，首先将基因组DNA随机切割成500 bp的小片段，用End Prep Enzyme Mix处理片段进行末端修复，使其在一个反应中同时进行5′磷酸化和d A-加尾，最后通过T-A连接来在两端添加衔接子。使用Axy Prep Mag PCR Clean-up(Axygen）对衔接子修饰后的DNA片段进行分离纯化，从中回收长度约410 bp的片段（具有约350 bp的插入片段）（见表1）。然后使用P5和P7引物对每个样品扩增8个循环，因为两个引物都携带可以进行桥式PCR的序列，并且P7引物还携带碱基标签，故可以多路复用。使用Axy Prep Mag PCR Clean-up纯化PCR产物，通过Agilent 2100生物分析仪对其进行验证，并通过Qubit2.0荧光计进行定量。然后根据制造商的说明书将具有不同索引的文库多路复用并加载到Illumina Hi Seq仪器上。使用2×150双端配置进行测序，图像分析和碱基调用则由Hi Seq仪器上的Hi Seq控制软件进行。