《表1 基因缩写列表:帕金森病关键基因及通路的筛选及其生物信息学分析》
利用NCBI(National center for biotechnology information)平台下的GEO数据库进行DEG筛选。在GEO数据库中以“Parkinson’s disease”、“Homo sapiens”、“tissue”为关键词搜索基因序列,排除微小RNA、线粒体DNA、非体内脑组织取材标本等相关数据,最终有3个数据集入选:GSE8397、GSE28894和GSE 20164。其中,GSE8397的数据出自GPL96平台,来源于24例PD患者和13例健康对照的纹状体样本;GSE28894的数据来源于15例PD患者和15例健康对照的纹状体样本;GSE20164的数据来源于6例PD患者和5例健康对照的纹状体黑质样本。利用在线工具GEO2R(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)分析各个数据集,选取P<0.05,|logFC|>1的基因为候选差异基因。三个数据集中选取出的差异基因取交集,筛选出DEG。基因缩写列表见表1。
图表编号 | XD00178542900 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.04.28 |
作者 | 王璐茜、陈志博、郑晓露、张扬 |
绘制单位 | 温州医科大学附属第一医院神经内二科、温州医科大学附属第一医院神经内二科、温州医科大学附属第一医院神经内二科、温州医科大学附属第一医院神经内二科 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |