《Table 1 Correlation analysis between differential indel and transcriptional data》

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《马铃薯全基因组重测序和转录组的关联分析》

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本研究在进行差异In Del分析后，共有830个候选转录本（726个基因）与转录组数据进行了关联分析，其中共有346个基因在土豆中具有表达，共有54个（15.6%）转录本是显著差异的（FDR<0.05），共有219个（63.2%）转录本倍性变化≥2倍（HAP相对于LAP 83个上调，136个下调）。在CV分析后，共有428个候选转录本（315个基因）与转录组数据进行了关联分析，其中共有221个基因在土豆中具有表达，共有35个（15.8%）转录本是显著差异的（FDR<0.05），共有107个（48.4%）转录本倍性变化≥2倍（HAP相对于LAP 39个上调，68个下调）。在进行CNV分析后，与转录组差异基因数据进行了关联分析，其中分类为Amplification的CNV中，属于显著差异的（FDR<0.05），并且倍性变化≥2倍的CNV，HAP相对于LAP有22个上调，48个下调；分类为Deletion的CNV中，属于显著差异的（FDR<0.05），并且倍性变化≥2倍的CNV，HAP相对于LAP有571个上调，1 331个下调；分类为Neutral的CNV中，属于显著差异的（FDR<0.05），并且倍性变化≥2倍的CNV，HAP相对于LAP有8个上调，20个下调。本试验结果为深入认识怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯之间的相关遗传变异提供重要参考，并为深入揭示怀玉山高山马铃薯重要农艺性状遗传机制提供新的视角，对怀玉山高山马铃薯种质资源创新、新基因发掘及育种利用都具有重要参考价值。