《表3 大豆百粒重显著相关SNPLDB位点》

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《东北大豆种质群体百粒重QTL-等位变异的全基因组解析》

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AN：等位变异数目。a:QTL与环境互作效应。LC-QTL和SC-QTL分别为大贡献（R2≥1%）和小贡献（R2<1%)QTL

使用RTM-GWAS方法，第一阶段筛选出12 305个候选标记，第二阶段最终检测到76个与大豆百粒重性状显著关联的SNPLDB标记，分布在大豆18条染色体上（表3、图1-c和图1-d），每条染色体上检测到2—7个不等，其中第15、17和20染色体上最少，均只检测到2个SNPLDB标记，第6和18染色体上最多，均检测到7个显著关联的SNPLDB标记。第5和11染色体上没有检测到与大豆百粒重性状相关的SNPLDB标记。由于RTM-GWAS基于多位点模型，所有QTL在同一模型进行拟合，因此，一个位点只能筛选到一个显著的标记，而且通过对存在QTL比较多的染色体上的位点之间物理距离比较发现，相邻2个QTL之间的距离最小为0.58 Mb，最大达到18.21 Mb，且绝大多数相邻位点间的物理距离都超过了5 Mb，因此QTL在各条染色体上并非成簇分布。关联的76个位点中，有15个位点主效不显著，8个位点与环境互作效应不显著。61个主效显著位点总表型变异解释率为65.40%，68个位点与环境互作效应显著位点总表型变异解释率为17.46%，合计解释了82.86%的表型变异（表3）。61个主效显著位点包括18个大效应（R2≥1%）位点和43个小效应（R2<1%）位点，分别解释了52.15%和13.25%的表型变异。与以往研究比较显示，检测的76个SNPLDB标记中，有34个与前人报道的30个QTL存在重叠，另外42个SNPLDB位点为本研究新检测到的位点。