《表4 中国大豆种质资源群体百粒重改良优异组合预测》

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《限制性两阶段多位点全基因组关联分析法在遗传育种中的应用》

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亲本组配和后代选择是常规育种的2个主要步骤，QTL-allele矩阵则为亲本组配和后代选择提供了理论依据。HE等[14]使用RTM-GWAS方法对包含1 024份大豆材料的种质资源群体的百粒重进行了遗传解析，获得了包含139个QTL及其402个等位基因的QTL-allele矩阵，并进一步基于QTL-allele矩阵对所有523 776个单交组合纯合后代群体进行了预测（图5），结果显示部分单交组合后代表现出超亲百粒重，最好的20个组合后代百粒重预测值相比亲本群体提高了12.4%—19.9%（表4）。基于全基因组QTL-allele矩阵的优化组合设计与全基因组选择有本质不同，后者假定全基因组标记均与目标性状相关，通过构建全部标记的预测模型对后代进行预测和选择，因此，需要对育种后代群体进行全基因组标记的鉴定，成本高昂。另外，模型构建所用群体与实际育种群体的差异，还可能导致选择出现严重偏差。由于育种条件的限制，目前，全基因组选择主要应用于动物育种研究。而基于QTL-allele矩阵的选择直接对目标性状位点进行独立选择，更符合实际育种需求，理论上比全基因组选择更加直接和高效。