《表1 SARS-CoV-2全基因组序列信息》

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《人新型冠状病毒与禽冠状病毒遗传进化关系简析》


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中国科学家于2020年1月7日从一名患者身上分离出一株SARS-CoV-2并进行基因组测序[5]。截至2019年2月19日,GenBank数据库中已收录了46株SARS-CoV-2全基因组序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/),基因组长度约28.9 kb,从中选取不同地区的4株序列用于后续遗传进化分析(中国2株、美国1株和澳大利亚1株),具体信息见表1。选取的其他参考株全基因组序列包括:2株蝙蝠源冠状病毒(JX993988.1、MG772934.1)、2株SARS-CoV(AY291451.1、AY463059.1)、2株MERS-CoV或MERS相关CoV(KF600630.1、MK967708.1)和10株不同禽源冠状病毒(AJ311317.1、EU022526.1、FJ888351.1、KF377577.1、KM454473.1、KR608272.1、DQ834384.1、LC364344.1、M95169.1、MK359255.1)。