《表1 DUD数据集：基于深度神经网络的药物蛋白虚拟筛选》

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《基于深度神经网络的药物蛋白虚拟筛选》

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A Directory of Useful Decoys（DUD）是由加州大学旧金山分校药物化学系的Irwin和Shoichet实验室所归纳的药物数据集，它用于测试基于配体的诱饵对接算法，DUD是迄今为止用于对虚拟筛选程序进行基准测试的最大，最全面的公共数据集。DUD含有40个受体蛋白酶，每种蛋白酶的配体中都有几十到几百个分子从而组成了2950种配体。又从商业可用化合物ZINC数据库中对每个配体检索到36个诱饵以模拟相关配体的某些物理性质，它们在物理性质上类似于特定的配体，如分子量、cLogP和氢键基团的数量，但在拓扑结构上却截然不同，从而形成了一个包含98266种化合物的数据库。使用的数据集包括复杂晶体的PDB代号和结构活性物的数量，诱饵数及不同的化学类型数。我们使用以下九个具有代表性的受体用于后续分析[3]。