《表2 350 bp文库NT库比对详表》

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《基于Illumina高通量测序技术的草豆蔻基因组研究》

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为了调查草豆蔻物种的多样性，我们从测序得到的350 bp文库中，随机取10 000条单端reads，与NT库进行BLAST比对。BLAST使用ncbi-blast+2.2.29版本，参数设置为-num＿descriptions100-num＿alignments 100-evalue 1e-05。能够比对上NT库的reads占提取reads数的9.46%，其中比对到艳山姜Alpinia zerumbet（Pers.）Burtt.et Smith和小豆蔻Elettaria cardamomum Maton上的reads数分别占比对上NT库reads数的12.89%和12.36%，这2个物种皆为草豆蔻的近缘物种，且比对结果中未发现动物等异常比对，具体比对统计见表2。