《表1 基因功能注释软件及参数》

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《基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析》

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使用Trinity 2.4.0软件[15]对Clean Reads进行从头组装获取转录本序列（Transcripts），所使用的参数为：--min＿kmer＿cov:3。基于map到转录本序列上的reads数及表达模式，Corset 1.05软件[16]进一步对获取的转录本（Transcripts）进行层次聚类，从而获取最长的聚类序列（Unigenes），软件参数使用默认参数。Unigenes序列用于后续分析。而后，利用Diamond和Blast等比对软件基于七大基因注释数据库Nr（Non-Redun-dant Protein Sequence Database）、Nt（Nucleotide Sequence Database）、Pfam（Pfam protein families database）、KOG（Clusters of Orthologous Groups of proteins）、Swiss-prot，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和GO（Gene Ontology）对所有的Unigene进行比对和注释，从而获得黄姑鱼的表达基因功能，基因功能注释软件及参数设置如表1。Diamond是一个用于比对数据库蛋白，其蛋白质比对性能为blast+的500～20000倍，因此比对Nr、KOG和Swiss-prot等3个蛋白数据库采用Diamond软件。