《表1 gy1fnp分子标记引物信息》

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《ARMS分子标记鉴定水稻长中胚轴基因型gy1~(Kasa)》

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1小写字母代表引入错配，下划线代表FNP位点；2 Tmi代表包含错配碱基的引物的Tm值；3 Tme代表排除错配碱基的引物的Tm值；4位置指的是引物的5'端与GY1的起始密码子（ATG）第1位碱基的距离，单位为碱基数，正值代表位于ATG下游（图1）

GY1（LOC＿Os01g67430）基因的功能核苷酸多态性（functional nucleotide polymorphism，FNP）位点参考Xiong等（2017）。水稻基因组测序已经完成，包括籼稻（O.sativa ssp.indica）和粳稻（O.sativa ssp.japonica）2个亚种（Yu et al.，2002；Goff et al.，2002），从中获得了GY1的FNP的侧翼序列。FNP位点邻近序列的多态性位点从RiceVarMap v2数据库（http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/）中检索（Zhao et al.，2014）（图1），引物在排除了这些多态性位点的保守区内进行设计（以主基因频率大于99%为筛选标准）。引物使用在线工具（http://primer3.ut.ee/）开发并引入了少量错配（表1）。新引物被命名为gy1fnp。引物的Tm值、质量评估和特异性评估均使用Primer Blast工具完成（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/）。引物序列设计完成后，交付北京擎科新业生物技术有限公司合成。