《表1 实验使用的模拟数据集》

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《通过区域筛选和简洁de Bruijn图比对高重复短序列》

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实验使用的计算机为8核Intel（R）Core i7-6700k [email protected]处理器，内存容量为32GB，操作系统为64位Ubuntu18.04LTS，采用C++语言编程实现算法．采用模拟数据集与真实数据集进行实验测试．对于3个参考基因组：大肠杆菌（E.coli str.K-12substr.DH10B，E.coli）、人类第21条染色体（Humanchr-21，Hc21）和果蝇（Drosophila melanogaster，DM），使用ART[26]模拟器在两种不同的Illumina平台HiSeq2000(100bp）和HiSeq2500(150bp）上，生成长度分别为100bp和150bp的模拟数据序列（reads），见下一页的表1．真实数据采用Illumina平台上的数据集，参考基因组和测序序列从NC-BI1网站获得，参考基因组规模从2Mbp到116Mbp，见下一页的表2．依据实验测试结果将所允许的种子区域向量bins最小阈值min＿percent设为75%.