《表4 PEAKS与Spectronaut软件处理DIA数据性能比较》

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《基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立》

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对同一批DIA数据利用PEAKS Studio10.0（Bioinfomatics Solutions Inc.）和Spectronaut 11.0（Biognosys AG 2013）两种搜索工具分别进行分析，从软件对服务器的要求、处理步骤和效率、定性定量结果等方面比较两种软件的性能。从表4分析结果可以看出，两种软件在分析性能方面各有优缺点。PEAKS可通过直接搜库的方法对DIA数据进行处理，因此操作步骤较为简单，省去构建DDA实体库的步骤，前期准备工作较少；然而由于其融合de novo的算法对肽段进行定性分析，在分析时间上要远长于SPE的数据处理时间。同时，PEAKS软件定量的肽段数目有23 891，高于SPE软件的14 641，但是蛋白定量数目明显低于SPE软件，说明de novo的方法对肽段的鉴定数量有了较大的提升，然而对蛋白的定量结果并没有明显帮助。分析其中原因，可能是由于DIA数据较为复杂，直接进行线上搜库匹配的方法使得谱图匹配效率降低。SPE通过构建实体库的方法进行DIA数据分析，大大降低了谱图解析难度，增强了分析效果。除此之外，PEAKS是利用一级谱图母离子峰面积或者峰强度对蛋白定量，为了达到定量要求，一级谱图信噪比要求较高，增大了低丰度蛋白的定量难度，导致很多低丰度不能被有效定量[22]；而SPE在二级谱图的基础上根据子离子峰面积或者峰强度进行定量，有利于信噪比的提高和低丰度蛋白的检出，增强了定量能力[8]。