《表3 DDA与DIA技术方法比较》

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《基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立》

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如表3所示，我们从样品前处理到数据分析及技术性能等多方面比较了DDA与DIA技术的相同点与不同点。可以发现，对于DDA和DIA方法而言，样品前处理与液相色谱方法没有什么差别，本实验中两种技术也都可在Q-Exactive Plus仪器上实现。然而根据两种技术的原理不同，DIA在质谱采集过程中会引入大量肽段并将它们同时碎裂，从而产生高度混合的MS2谱图[20]。如此复杂的MS2谱图虽然也可以通过传统的基于在线数据库匹配的方法直接分析，但效果不佳，因此人们开发了称之为“肽段中心打分”的分析方法。在这项策略中，采集到的数据集会和一套已知肽段各类参数的数据集进行比对搜索，最常用的方法就是预先采集一套谱图数据库[21]。另外，由于DDA数据采集的随机性和限制性，其肽段检测的可重复性及定量一致性较差，而DIA模式不涉及到对肽段离子的限制性筛选而获得更完整的信息，且相对于母离子检测来说，碎片离子检测的灵敏度更高，包含的信息也更丰富，因此DIA相较于DDA来说更稳健、更灵敏。