《表2 S1初步定位所用标记》

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《栽培稻种间杂种不育基因S1的图位克隆》

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根据前人的初步定位分析，对S1初步定位所有标记筛选的区域主要集中在第6染色体短臂。首先根据www.gramene.org公布的籼稻（9311）与粳稻（日本晴）的SSR与INDEL分子标记，每隔一段区间设计一对分子标记引物，采用粳稻IRAT216与非洲栽培稻IRGC102203两亲本做模板进行PCR扩增筛选检测多态性的分子标记，由于IRGC102203与籼稻9311的差异较大，很多标记都扩增不出条带，多态率在30%左右（表1）。连锁分析反应找到基因的大体区域后，再加大筛选密度，得到了一些有多态且容易扩增的有效标记（表2），用于进一步标记定位。