《表1 植物ceRNA鉴定常用的生物信息学资源》

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《基于高通量测序的植物ceRNA分析策略和应用进展》

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基于表达值相关性的预测方法认为，ceRNA竞争性结合miRNA后减弱了miRNA对靶基因的抑制作用，因此互为ceRNA的转录本表达水平应正相关，通过共表达分析筛选表达水平显著正相关的ceRNA-mRNA关系对。CERNIA和circlncRNAnet等方法综合了MRE相似性和表达相关性来推断ceRNA相互作用，并可进一步构建ceRNA网络。随着植物中ceRNA调控关系的不断发现，收录植物ceRNA的数据库也应运而生，如miRSponge、PceR-Base和PeTMbase等（表1）。