《表1 拼接结果统计:药用资源植物山莨菪的转录组信息分析》

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《药用资源植物山莨菪的转录组信息分析》


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从头测序组装之后得到158 378个Transcripts,得到71 463个Unigenes,对编码序列进行预测之后得到47 685个CDS(见表1)。对Transcripts而言(图1A),分布在200~300 bp的数量是最多的,其次是300~400 bp(42 231条)、大于等于2 000 bp(19 215条)和300~400 bp(14 864条)。对Unigenes而言(图1B),按分布范围内数量排序的话,依次是200~300 bp(29 326条)、300~400 bp(11 003条)、400~500 bp(5 955条)、大于等于2 000 bp(4 146条);对CDS而言,长度在100~200 nt内的序列最多,有12 928条,占27.11%,其次为200~300 nt(11 259条)、300~400 nt(4 838条)、400~500 nt(2 980条)。无论是Transcripts、Unigenes还是CDS,长度最短的序列数量最多,而随着序列长度增加,所获得的拼接数量就越少(大于等于2 000 bp的序列除外)。Unigenes的平均长度为651.1 bp,最短的Unigene长度为201 bp,最长为8 526 bp,N50长度为1 115 bp,总长度为46 529 443 bp。