《表2 系统进化树分析所用的病毒》
序列拼接和开放阅读框(ORF)的预测使用DNAMAN 5.0软件;序列同源性搜索使用NCBI网站的在线BLAST(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi);蛋白质保守结构域鉴定使用NCBI网站的保守结构域数据库搜索程序(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi?);氨基酸多序列比对使用MAFFT软件;系统进化树的构建使用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)。ML树的计算使用MEGA 5.0软件,采用默认参数设置,并以自展法(bootstraP)对ML树进行评估,重复抽样次数为1 000。系统进化树分析中所用的病毒如表2所示。选择的25种RNA病毒包括13种Totiviridae科病毒,3种Chrysoviridae科病毒,以及通过BLAST搜索的9种未分类的大型单分子样双链RNA病毒。
图表编号 | XD00152596300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.09.20 |
作者 | 张婷婷、蔡小姚、滕丽、周静、刘红美 |
绘制单位 | 贵州医科大学生物与医学工程重点实验室、贵州医科大学环境污染与疾病监控省部共建教育部重点实验室、贵州医科大学生物与医学工程重点实验室、贵州医科大学生物与医学工程重点实验室、贵州医科大学基础医学院、贵州医科大学生物与医学工程重点实验室、贵州医科大学生物与医学工程重点实验室 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |