《表1 菜心BcPHYB基因选择性剪接分析》

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《菜心光敏色素B基因BcPHYB的鉴定与分析》

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真核生物形成可供翻译的成熟mRNA之前，需要经过多道程序的加工，如加帽、剪接、加尾、编辑和修饰。基因在Pre-mRNA加工过程中的选择性剪接不仅会造成转录本的多样性，也会导致其蛋白产物的复杂性（Barbazuk et al.，2008；Chaudhary et al.，2019）。本研究利用转录组测序Read数据鉴定了菜心BcPHYB基因具有3个内含子和4个外显子并分析了其剪接情况。研究结果显示菜心BcPHYB基因在pre-mRNA加工过程中普遍存在着内含子保留的现象，1～3号内含子均有一定概率保留下来（表1），内含子保留的转录本相对应的蛋白产物会插入或者缺失部分氨基酸序列（图4；图5），从而引起基因功能异常。在拟南芥中SKIP可以通过控制SEF基因的Pre-mRNA加工来调控拟南芥的开花时间（Cui et al.，2017），为分析菜心BcPHYB基因调控开花时间性状提供一种新的思路。近期研究显示菜心BcFLC1剪接供体位点变异导致Pre-mRNA加工过程中发生选择性剪接，且完全不能形成正常剪接的转录本，对应的蛋白产物插入或缺失氨基酸序列片段（陶鹏等，2019，私人通信）。而菜心BcPHYB基因形成正常转录本的概率约为78.5%（96.4%×94%×86.6%），因此可能会部分影响到光敏色素B基因的正常功能。PHYB是光周期途径中关键的开花抑制基因之一。在拟南芥中PHYB基因功能突变体表现出了早花表型，同时在花生（Pisum sativum）的PHYB功能缺失突变体IV-1和高粱（Sorghum bicolor）功能缺失突变体ma3R也具有提早开花的表型（Childsetal.，1997；Welleretal.，1997）。