《表1 33种鱼类基因组MITEs存在情况》

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《33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定》

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注:No.MITEs代表MITEs一致序列的数量；No.FLC代表全长拷贝的数目；No.FC代表片段拷贝的数目

通过MITE-Hunter对33个鱼类基因组MITEs进行初步预测，后续校准、去冗余后确定了所选物种基因组中MITEs一致序列和拷贝数，共得到2433个MITEs一致序列，487594个全长拷贝。不同鱼类基因组的MITEs拷贝数和含量差异较大（表1）。MITEs（全长拷贝和片段拷贝）含量最高的5个物种分别是斑马鱼（237.76 Mb，16.66%）、海七鳃鳗（213.53 Mb，21.18%）、大西洋鲑鱼（189.29 Mb，6.38%）、墨西哥丽脂鲤（99.05 Mb，7.42%）和日本七鳃鳗（83.17 Mb，8.07%）。也有部分物种的MITEs含量较低，例如大西洋鲱MITEs含量为3.94 Mb（0.49%），象鲨为3.83Mb（0.39%），欧洲鳗鲡为2.70 Mb（0.27%），猬鳐的含量为1.73 Mb（0.11%），红鳍东方鲀基因组中MITEs含量最低，仅为0.61 Mb（0.16%）。从分类阶元来看，无颌类的MITEs含量较高，如海七鳃鳗；软骨鱼纲和肉鳍鱼纲鱼类的MITEs含量较低，如猬鳐和矛尾鱼；辐鳍鱼纲的鱼类MITEs含量最为丰富，如斑马鱼。