《表2 MITEs在鱼类基因组中的分布》
鱼类基因组中的MITEs转座子具有较高的丰度,为了保证结果的准确性,仅选取有完整TIR的MITEs全长拷贝进行插入位置分析。结果显示(表2),鱼类基因组的MITEs全长拷贝插入到基因内部的数量十分丰富(计算插入时,以转座子所处位置为准,较长的转座子可能出现重复计数的现象,对结果无影响),例如斑马鱼插入到基因的有12885个。其中矛尾鱼、斑点雀鳝、象鼻鱼、大西洋鲱、斑马鱼、犀角金线鲃、墨西哥丽脂鲤、斑点叉尾鮰、大西洋鲑鱼、红鳍东方鲀、黄鳝、半滑舌鳎、贝氏隆头鱼、大黄鱼、罗非鱼、布氏新亮丽鲷、斑马宫丽鱼、红丽鱼、伯氏朴丽鱼、小丑鱼、花斑剑尾鱼、弗氏假鳃鳉和日本青鳉基因组中的MITEs都有插入到外显子的情况。对这部分基因进行注释,发现象鼻鱼、斑马鱼、墨西哥丽脂鲤、弗氏假鳃鳉、黄鳝、大黄鱼、小丑鱼、罗非鱼的MITEs都插入到能够编码具有锌指结构的蛋白(Zinc finger)的序列中,这些序列编码的蛋白大多与基因表达相关;墨西哥丽脂鲤有一条MITEs插入到能编码视蛋白对应的序列中;斑点雀鳝的有一条MITEs插入到编码脂肪包被蛋白(与肥胖相关)的序列中等等。但后续还需要更详细的分析和实验验证,才能明确MITEs是否对基因表达有影响。
图表编号 | XD00137745000 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.01.01 |
作者 | 胡竞文、邵峰、赵连鹏、韩民锦、彭作刚 |
绘制单位 | 西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室、西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室、西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室、西南大学家蚕基因组生物学国家重点实验室、西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室 |
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