《表1 引物序列及相关信息》
依据GenBank已公布的黄鳝、斜带石斑鱼等物种GH基因序列设计引物P1和P2(表1),用于扩增大刺鳅GH基因的部分片段;cDNA 5'端和3'端非编码区的扩增采用SMARTer?RACE 5'/3'Kit(634860)试剂盒,按照说明进行操作,扩增特异性引物分别为GH-GSP1和GH-GSP2(表1)。PCR产物经纯化后克隆至p MD19-T载体上,再转化DH5α感受态细胞,挑选阳性克隆进行测序。应用BLAST对获得的大刺鳅GH基因cDNA序列进行同源性比对分析,并推导其开放阅读框(ORF)和编码氨基酸序列;以ClustalX 2.1进行氨基酸序列比对分析,选择比对模型Multiple Alignment Mode(多序列比对),默认参数设置,比对方法选用Do Complete Alignment(进行完全比对);得出的比对分析结果运用BOXSHADE Server(https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html)进行着色处理;采用Multiple Sequence Alignment by CLUSTALW(https://www.genome.jp/toolsbin/clustalw)进行物种同源性分析;利用MEGA 7.0计算进化距离矩阵,以邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树,Bootstrap设为1000。
图表编号 | XD00131838600 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.01.01 |
作者 | 钟东明、黄小琪、何佩莹、周惠强、张明清、舒琥 |
绘制单位 | 广州大学生命科学学院、广州大学生命科学学院、广州大学生命科学学院、广州大学生命科学学院、广州大学生命科学学院、广州大学生命科学学院 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |