《表2 小麦条锈菌转录组数据与参考基因组比对统计》

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《小麦条锈菌产孢转录组分析》

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注：括号中数字表示符合条件的读长数量占过滤后读长总数量的比例。

小麦条锈菌CY31、CY32、CY33和V26菌系转录组共产生396 711 824条原始读长，经过滤后获得382 125 418条过滤后读长，每个样品均获得了13.23 Gb以上的碱基（表1）。将过滤后读长与小麦条锈菌PST-78菌系参考基因组分别比对，4个样品序列的71.15%以上读长可以比对到参考基因组（PST-78，Gen Bank:AJIL00000000.1）（表2）。其中，CY31、CY32、CY33和V26菌系唯一比对到参考基因组的读长占总过滤后读长的比例依次为73.03%、70.14%、73.13%和70.16%，多处比对到参考基因组的读长占总过滤后读长的百分比在0.99%～1.16%（表2），远低于10%。此外，定位到参考基因组外显子区及内含子区的读长数量占定位到参考基因组上的读长的比例显示，定位到外显子区的读长的比例最高，CY31、CY32、CY33和V26菌系对应的比例分别是60.8%、73.9%、57.5%和76.4%，定位到内含子区域的读长的比例最低，4个样品对应的比例均低于0.3%，从基因覆盖度的角度也证实，转录组数据已覆盖参考基因组上大部分基因。本研究所得转录组测序数据结果能反映小麦条锈菌菌系的整个转录组，这些测序数据的质量、数量评估为后续的基因表达差异分析奠定了基础。