《表2 转录组数据与基因组比对》

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《‘枸头’橙针刺和枝的转录组分析》


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为进一步评估测序数据质量,转录组数据过滤后得到的序列(Clean Reads)需要与参考基因组序列比对来进行定位分析。比对效率可以直接体现转录组测序数据的利用率,与测序数据质量、参考基因组组装优劣以及样品与参考基因组个体的亲缘关系等有关。本研究利用HISAT 2.0.4将转录组数据过滤后的序列与已发表的柑橘属甜橙基因组(Xu et al.,2013)进行比对,结果显示,6个样品的Clean Reads与参考基因组的比对效率在90.14%~91.32%区间,单端比对率为86.09%~87.49%,多位置比对率均小于4.10%,正、负链比对率为43.05%~43.76%,说明各样品的Clean Reads与参考基因组的比对效率较高(表2)。另外,比对序列的分布显示,97.5%以上的序列定位在外显子区域,只有2.5%以下的序列定位到内含子和基因间区。以上比对结果进一步表明本实验污染较少,整体测序数据质量较好。