《表2 候选效应蛋白在转录组测序中的基因表达量》

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《利用本氏烟筛选小麦叶锈菌效应蛋白》

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a、b和c分别代表小麦叶锈菌菌株08-5-9-2（KHTT）、13-5-28-1（JHKT）和13-5-72-1（THSN）；a/b/c1＿FPKM、a/b/c2＿FPKM和Pa/b/c3＿FPKM分别代表各菌株在休眠孢子时期、夏孢子萌发时期和吸器形成时期的表达量

本研究使用Illumina Hiseq平台对小麦感病品种Thatcher与3个小麦叶锈菌互作的RNA进行测序，将文库数据利用SignalP 4.1、TargetP 1.1、TMHMM 2.0和EffectorP 2.0软件对08-5-9-2（KHTT）、13-5-28-1（JHKT）和13-5-72-1（THSN）三个小种单菌株文库进行筛选（表2）。首先使用SingnalP 4.1预测编码含有分泌信号肽的蛋白，之后用Target P 1.1剔除含有线粒体定位信号的序列，再利用TMHMM 2.0去除含有跨膜结构的序列，最后用EffectorP 2.0预测真菌效应蛋白。经过4个软件的严格筛选与分析，获得357个候选效应蛋白。从中选择20个在小麦叶锈菌与Thatcher互作中表达量逐渐上调的候选效应蛋白，在烟草上检测效应蛋白能否抑制Bax和INF1引起的坏死。20个分泌蛋白的氨基酸数目均在102～435之间，其中分子量最小的是Pt6429、最大的是Pt1030。20个候选效应蛋白均与叶锈菌菌株BBBD具有较高的同源性（表3）；1个与条锈菌同源，为效应蛋白Pt9869；3个与秆锈菌同源，分别是Pt1793、Pt7105和Pt20783。20个候选效应蛋白均属于功能未知的叶锈菌假定蛋白。从效应蛋白的结构分析发现，除了具有分子量小和信号肽的特点外，20个效应蛋白都富含半胱氨酸（表3），其中Pt16411的202个氨基酸中含有18个半胱氨酸（图2）。用预测结构域的软件Pfam 32.0以及MEME 5.1.0对候选蛋白进行预测，发现20个候选效应蛋白都没有已知基序（motif），19个候选效应蛋白没有已知结构域（domain），其中Pt1030含有1个已知结构域HARBI1＿dom，而该结构域存在于IPR001584相关蛋白质中，可能是DDE超家族的内切核酸酶。