《表3 遗传变异的数量及分布》

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《两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究》


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CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组之间遗传变异见表3,我们考察了SNP、In/Del(<50bp和≥50bp)的数量和分布情况,将≥50bp的In/Del称为结构变异(structure variation,SV)。基因间区检测到309 946个SNP位点,基因区检测到621 596个SNP;基因间区检测到125 496个In/Del,6 123个SV;基因区检测到106 158个In/Del,3 098个SV。SNP在基因间区的分布远低于基因区的分布,In/Del和SV在基因区的分布远低于基因间区,5’-UTR和3’-UTR区域的遗传变异最少。7 175个基因含有SNP变异,6 625个基因含有In/Del变异,1 068个基因含有SV变异。计算遗传变异在基因区的平均密度/个数,结果表明SNP为2.81个/100bp,In/Del为9.8个/基因,SV为0.3166个/基因。