《表4 CBM67家族真核α-L-鼠李糖苷酶CBM三维蛋白预测结构和3w5n晶体蛋白CBM结构叠合RMSD值》

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《真核α-L-鼠李糖苷酶的碳水化合物结合结构域功能架构分析》

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以3w5n晶体结构的CBM作为模板分别对12条CBM67家族序列的CBM进行同源建模，可以得到12个CBM蛋白模型。对12个CBM模型的Verify Protein(Profiled-3D）结果进行数据统计（表3）并对其进行综合分析得到，所有Verify Score均处于自己的Verify Expected High Score和Verify Expected Low Score两个值之间，具有较大的可信度。并将建模得到的12个CBM67家族真核α-L-鼠李糖苷酶CBM三维蛋白预测结构模板进行比较，发现结构非常相似，基本由β折叠构成，下面举例4个CBM结构和3w5n晶体蛋白进行比对展示（图3）。将3w5n的CBM晶体蛋白结构和12个CBM67家族模型进行了叠合对比（图4，红色为3w5n）并计算对应的RMSD值（表4）。发现CBM67家族模型能够与晶体模板很好的重合，12个模型的三维结构高度相似，活性位点区域叠合度较高，且所有的RMSD值都比较小且差值较小，因此可以认为最终获得的CBM67家族真核α-L-鼠李糖苷酶CBM蛋白的氨基酸结构位置合理，模型可信度较高，可用于后续的分子对接模拟。