《表1 Cronobacter PubMLST数据库中的克罗诺杆菌菌株统计》

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《多位点序列分析方法在克罗诺杆菌属菌株溯源分析上的应用》

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注：a为序列类型（Sequence type）。b为占物种总数的百分比（Percentage of speciestotal）。c为占总属的百分比（Percentage of genus total）。

目前Cronobacter PubMLST基因组和序列定义数据库（http://pubmlst.org/cronobacter/）已包含超过2400多株菌株分离信息，其中C.sakazakii(1 774株）和C.malonaticus(295株）为该属的优势菌种（表1）。通过将7-loci MLST应用于2 438株菌进行分析，共揭示了591种可定义的序列型（sequence type，ST），其中克诺罗杆菌C.sakazakii ST1(280株）、ST4(334株）、ST13(67株）和C.malonaticus ST7(78株）为主要序列型（表2）。截止2019年3月20日，数据库中已有623株菌完成全基因组测序，包括C.sakazakii(438株）、C.malonaticus(82株）、C.dublinensis(56株）、C.turicensis(23株）、C.muytjensii(13株）C.universalis(9株）和C.condimenti(2株）。数据库中最早的分离株为1950年分离自英国奶粉中的C.sakazakii，所有菌株共分离自全球40多个国家和地区。多数菌株分离自食品及配料当中，C.sakazakii和C.malonaticus与临床及婴幼儿配方奶粉密切相关。C.sakazakii和C.malonaticus中主要序列类型的国家来源统计结果显示，多数菌株分离自中国和美国（表1、2）。上述结果表明，由于MLST所针对的七个基因位点在基因组总量中占比较小，导致同一ST型中包含地理来源，分离时间，宿主等不相关的菌株，而对菌株溯源结果适得其反。