《表3 B-9987中difficidins生物合成基因的功能注释》

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《海洋芽孢杆菌Bacillus methylotrophicus B-9987中difficidins生物合成基因簇的分析鉴定》

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通过对B-9987的基因组进行扫描，从中定位了difficidins的生物合成基因簇，其大小约为69kb。比较Genbank基因组数据库中其他的difficidins生物合成基因簇，结果显示了它们在序列、基因组成和排列上高度保守性。其中与模式菌株Bacillus amyloliquefaciens FZB42（CP000560.1）中的difficidins生物合成基因簇在氨基酸水平上的一致性达到98%～99%。通过生物信息学分析，发现该基因簇由位于同一个操纵子的difA-O15个基因组成，其推测基因功能见表3。其中，DifA为反式酰基转移酶（transAT），DifF-L为不含酰基转移酶功能结构域的聚酮合酶。DifB具有典型的激酶序列特征（smart00220，COG0661），推测其负责化合物difficidins的磷酸化修饰。酰基辅酶A连接酶DifD和3-酮酰基-ACP还原酶DifE可能参与合成起始阶段C3前体的形成。difficidins骨架合成的最后步骤推测可能是酮官能团转化为外亚甲基。这一转化在聚酮化合物如myxovirescin[12]和jamaicamides[13]中鉴定过，研究表明该转化通过3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合酶和烯酰辅酶A水合酶共同作用产生的，并独立存在酮基合成酶（KS）和酰基载体蛋白（ACP）功能结构域。通过生物信息学分析和序列比对推测酰基载体蛋白DifC，3-羟基-3-甲基戊二酰-辅酶A水合酶DifN；烯酰辅酶A水合酶DifO可能共同参与这一转化过程。除此之外，推测细胞色素P450酶DifM可能负责化合物difficidins的羟基化修饰。