《表3.Streptomyces sp.NO1W98菌株杀黑星菌素生物合成基因簇内各基因的功能注释》

《表3.Streptomyces sp.NO1W98菌株杀黑星菌素生物合成基因簇内各基因的功能注释》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《Streptomyces sp. NO1W98中杀黑星菌素的分离和生物合成基因簇的鉴定》


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根据上海凌恩生物科技有限公司对NO1W98进行基因组测序和拼接的结果,我们得到107个scaffold文件,约11.6 Mb个碱基序列。利用anti SMASH软件对基因组序列进行分析,结果表明NO1W98中共有49个cluster (基因簇),其中包括18个I型PKS及相关杂合形式。I型PKS中与杀黑星菌素的生物合成可能相关的为位于Scaffold3上面的Region 3.3,该段序列与已鉴定的氯丝菌素(chlorothricin)有着25%的基因相似性[21],与伴刀球霉素A (concanamycin A)有着35%的基因相似性[22]。我们进一步利用2nd Find软件进行分析,结果表明位于scaffold3上从179998 bp到295375 bp的DNA序列与杀黑星菌素的生物合成可能相关,但在该段序列内部含有多个gap。鉴于此,我们对gap进行填补,最终拼接得到约为90.5 kb的DNA序列,命名为vtd。接下来,利用Frame Plot 4.0 beta和Blast软件对该段基因进行功能注释,同时结合PKS/NRPS Analysis软件对相应PKS和模块的结构域组成进行分析,表明该段基因含有6个PKS编码基因,对应含有13个模块,与杀黑星菌素的骨架结构匹配。另外,杀黑星菌素和氯丝菌素在结构上除了共有大环内酯骨架外,还共有D-olivose结构单元,对应在该段序列中我们也得到了相应的糖基修饰基因。最后,该段序列中还含有1个糖基转移酶和1个氨甲酰转移酶编码基因,可以跟杀黑星菌素的结构中的糖基的装载以及氨甲酰化修饰对应起来。综上所述,我们推测vtd与杀黑星菌素的生物合成密切相关。杀黑星菌素疑似生物合成基因簇(vtd)的组织排布和基因功能注释结果见图2和表3。