《蛋白质的结构预测与分子设计》求取 ⇩

第1章蛋白质结构预测的概况及发展历史1

1.1 进行蛋白质结构预测和分子设计的必要性与可能性1

1.2 蛋白质结构预测的发展过程1

1.3 蛋白质结构预测的方法3

1.4 蛋白质结构预测方法的应用条件与范围4

第2章蛋白质的结构原理6

2.1 构成蛋白质结构的基本单元及构象限制6

2.2 蛋白质的二级结构11

2.3 不同氨基酸的构象特点20

2.4 典型的蛋白质结构类型24

2.5 蛋白质的功能与结构的关系31

第3章蛋白质的序列分析及蛋白质数据库32

3.1 序列同源性分析32

3.2 双重序列对比33

3.3 多重序列对比37

3.4 蛋白质进化研究40

3.5 蛋白质数据库43

第4章蛋白质的二级结构预测49

4.1 蛋白质二级结构预测概述49

4.2 蛋白质二级结构预测的方法50

4.3 二级结构预测存在的问题及发展前景60

第5章同源蛋白质结构预测61

5.1 同源蛋白质结构预测的理论及实验基础61

5.2 同源蛋白质结构预测的方法62

5.3 应用实例67

5.4 小结68

第6章理论计算方法在蛋白质结构预测中的应用70

6.1 引言70

6.2 力场71

6.3 最小化算法73

6.4 构象空间搜索方法75

6.5 量子力学与分子力学相结合的方法79

6.6 前景81

第7章蛋白质的静电性能研究82

7.1 影响蛋白质静电性质的因素82

7.2 Poisson-Boltzmann方程84

7.3 Poisson-Boltzmann方程的数值解法86

7.4 Poisson-Boltzmann方程的解析解——Tanford-Kirkwood模型89

7.5 TK与FDPB方法的分析比较94

7.6 应用举例95

第8章蛋白质的分子设计100

8.1 蛋白质分子设计的必要性100

8.2 小改——少数残基的替换100

8.3 中改——分子剪裁102

8.4 大改——从头设计102

9.1 有关受体的结构知识极大地促进了药物分子设计的发展106

第9章基于蛋白质结构知识的合理药物分子设计106

9.2 合理药物设计概况107

9.3 药物与受体分子的对接方法108

9.4 基于受体结构模型的全新药物设计108

9.5 未知受体结构时的合理药物设计112

9.6 HIV-1蛋白水解酶抑制剂的合理设计114

第10章膜蛋白的结构预测117

10.1 膜蛋白的结构特点117

10.2 膜蛋白的二级结构预测118

10.3 膜蛋白的三级结构预测130

第11章北京大学蛋白质分子设计系统简介132

11.1 研制蛋白质分子设计系统的必要性132

11.2 蛋白质分子设计系统设计描述132

11.3 蛋白质分子设计系统简介133

主要参考文献141