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目 录1

序1

第1章基因组学1

1.1遗传物质DNA2

1.2结构基因组6

1.2.1 基因组DNA测序的意义7

1.2.2基因密度和未知基因14

1.2.3典型基因组分析16

1.3功能基因组23

1.3.1 SAGE技术24

1.3.2 DNA芯片和微阵技术25

1.4比较基因组26

1.4.1微生物基因组的比较27

1.4.2单细胞和多细胞生物基因组比较31

1.4.3直向同源物集簇32

参考文献33

第2章遗传图谱37

2.1.1基本概念38

2.1遗传图谱的构建38

2.1.2 DNA分子标记39

2.1.3构建遗传图谱的方法43

2.1.4水稻基因组遗传图谱46

2.2禾谷类基因组研究的模式植物48

2.2.1公共标记48

2.2.2水稻染色体连续区段的保守性49

2.2.3模式植物的确定51

2.3水稻遗传图谱的育种应用51

2.3.1亚洲栽培稻的遗传变异性52

2.3.2基因定位和标记辅助选择57

2.3.3水稻产量性状遗传机理和标记辅助高产育种64

参考文献77

第3章遗传图谱与育种79

3.1应用分子标记研究水稻种质资源遗传多样性80

3.1.1遗传多样性的度量和分解81

3.1.2水稻种质遗传多样性的特点82

3.2光敏不育性的遗传和基因定位88

3.2.1光敏不育性的遗传88

3.2.2光敏不育基因的定位89

3.3.1 籼粳品种间的遗传分化与杂种不育的关系93

3.3籼粳杂种不育性和广亲和性的遗传基础93

3.3.2广亲和性的遗传分析和基因定位95

3.3.3杂种低温敏不育基因的定位101

3.4杂种优势的遗传和分子基础103

3.4.1杂合性和杂种优势的预测104

3.4.2杂种优势遗传基础的QTL分析107

3.4.3上位性组分在杂种优势遗传基础中的重要性108

3.4.4基因表达与杂种优势的关系110

3.4.5分子育种112

参考文献113

第4章水稻基因组物理图的构建117

4.1指纹锚标法原理118

4.1.1水稻基因组计划118

4.1.2水稻基因组物理图119

4.1.3 BAC－指纹－锚标战略121

4.2指纹计算法128

4.2.1 Sanger中心软件包128

4.2.2指纹图形的输入、编辑和数字化129

4.2.3指纹数据的分析和匹配133

4.2.4重叠群的形成134

4.3.1分子标记135

4.3获取基因和大规模测序135

4.3.2测序战略138

4.4构建物理图的实验程序141

4.4.1 BAC DNA的小量制备142

4.4.2指纹图谱的制作143

4.4.3重叠群在染色体上的定位146

参考文献149

第5章基因组测序151

5.1.1全基因组随机测序战略152

5.1基因组DNA测序战略152

5.1.2以物理图为依据的测序战略154

5.1.3随机定向战略157

5.1.4随机定向测序163

5.2 DNA操作170

5.2.1测序用DNA的制备170

5.2.2 PCR、测序、电泳、标记和杂交178

5.2.3实验配方187

参考文献191

附录专业名词简释193