《表3 Reads比对基因组情况统计》

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《利福平和甲基磺酸甲酯对感染植原体毛泡桐中长链非编码RNA变化的影响》

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使用样品PT、PTI、PTI-M60以及PTI-L100构建4个cDNA文库，并在Illumina Hi Seq 2000平台上进行测序，去除低质量的、有污染的以及含N的reads后鉴定clean reads的数量。鉴定结果表明，PT中含有clean reads的数量为80 949 026个，PTI中为80 453 898个，PTI-M60中为80 751 276个，PTI-L100中为80 314 814个。使用软件SOAP2比对核糖体数据库，去除含有rRNA的reads（表2）。使用TopHat软件将clean reads比对到参考基因组上（表3）。