《表6 部分与泡桐丛枝病发生相关的lncRNAs》

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《利福平和甲基磺酸甲酯对感染植原体毛泡桐中长链非编码RNA变化的影响》

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采用cis和trans作用模式预测lncRNA靶基因，对候选的3 700个lncRNAs进行注释，2 137个lncRNA通过cis作用模式共调控1 751个靶基因；通过RNAplex软件分析lncRNA与mRNA之间的相关性来预测其靶基因，其中536个lncRNA预测出468个靶基因。结合2种方法，2 673个lncRNA共预测出2 219个靶基因。对患病泡桐苗与健康状态的泡桐苗中389个差异lncRNAs对应的203个靶基因进行GO富集分析，主要富集为代谢过程、细胞过程、膜组分和催化活性等。为进一步了解与PaWB相关lncRNAs的功能，对PaWB相关的38个差异表达lncRNA的靶基因进行预测（表6）。2种试剂中共有且表达趋势相同的9个lncRNAs预测出5个靶基因，对其靶基因进行GO和KEGG注释，去除2个注释为未知蛋白不予讨论，得到注释为磷脂酶D（Phospholipase D，PLD）（基因ID:PAU025415.1） ；蛋白磷酸酶（基因ID:TCONS＿00017080＿new1）以及WNK赖氨酸缺乏蛋白激酶（基因ID:TCONS＿00045681＿new1）这3个靶基因。