《表2 miR-398-3p基因家族靶基因预测》

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《与植物抗逆相关的miR-398-3p基因家族进化分析及靶基因预测》

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大豆含miR-398-3p基因拷贝数比较多，陆地棉miR-398-3p是单拷贝，二者是比较常见的物种。两种植物都属于双子叶植物，利用这两个物种的miR-398-3p进行靶基因预测，有利于对miR-398-3p基因家族的靶基因进行较详细全面的分析。利用在线软件psRNATarget和BLAST进行miR-398-3p的靶基因预测，结果见表2。从表2可以看出，miR-398-3p基因家族靶基因的功能涉及范围较广，有zf-C2H2＿4结构域蛋白、C2H2型锌指家族蛋白、超氧化物歧化酶[Cu-Zn]、花粉特异性蛋白质SF3、锌指蛋白WIP2、GATA型锌指转录因子家族等。在同一物种中，不同种类的miR-398-3p靶基因具有相同的功能，如大豆中靶基因TC421780和TC423529都具有花粉特异性蛋白SF3的功能；在不同物种中miR-398-3p的靶基因也具有相同的功能，如大豆的靶基因TC452415，陆地棉的靶基因TC267083，都具有Cu-Zn超氧化物歧化酶和超氧化物歧化酶的功能，说明miR-398-3p基因家族不仅序列在物种间高度保守，有些靶基因功能也较保守。也有少数miR-398-3p的靶基因功能表现出物种特异性，如GATA型锌指转录因子家族即为miR-398-3p在陆地棉中特有的靶基因。miR-398-3p的靶基因具有花粉特异性蛋白SF3、超氧化物歧化酶、铜锌超氧化物歧化酶等功能，这些基因影响植物的生长发育，并在植物应对在非生物和生物胁迫中产生氧化应激作用，说明miR-398-3p在植物中有广泛的调控功能。