《表2 模块核心基因功能注释》

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《利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络》

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水稻干旱胁迫、冷胁迫、盐胁迫处理的100个转录组数据来源于NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库（附表2）。首先利用SRAtoolkit[9]软件的fastdump将SRA格式文件转换为序列文件fastq，利用FastQC[10]软件对原始测序数据进行质量评估，紧接着用Trimmonatic[11]软件去除接头、过滤低质量的reads，得到clean data。利用Hisat2[12]软件将clean data比对到水稻基因组。水稻基因组序列和注释信息下载自Rice Genome Annotation Project（http://rice.plantbiology.msu.edu）数据库。用featureCounts[13]获得数据的reads计数，之后根据基因表达的TPM值（transcripts permillion）公式，编写计算TPM值的R语言代码，构建基因表达矩阵，R语言代码如下: