《表2 KASP分型引物信息》

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《黄瓜杂交种品种鉴定SNP标记的初步分析研究》

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在比对到参考基因组序列基础上，通过基因数据变异检测工具软件Genome Analysis Toolkit[8]从中提取全基因组的潜在多态性SNPs。对原始变异VCF记录文件中SNPs进行筛选，设置条件为:（1）样本无重要缺失信息；（2）变异质量值VQ≥50；（3）基因型质量值GQ≥30；（4）核基因组测序深度DP为5～100X（细胞器基因组DP>10X）；（5）在样本之间存在多态性；（6）杂合型变异位点MAF等位基因频率0.25～0.5。对挑选出的高质量SNP位点，使用Minimal marker挑选出可区分参试品种的SNPs组合，最后选取10个在5’和3’侧翼序列50bp内无过滤过变异的候选位点用于扩增验证。1.2.3 PCR扩增降落PCR扩增程序设置为:94℃变性3 mins；94℃变性20 s，65℃退火1 min（每循环降低0.8℃），10个循环；94℃变性20 s，57℃退火1 min，28个循环；20℃读取信号。使用ABI Q6 Flex荧光定量PCR仪进行SNP分型，并确定基因分型和重测序结果一致性。扩增体系（表1）的引物（表2）采用Primer3在线工具[9]。