《表2 部分In Del标记信息》

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《基于高通量测序的棉花InDel标记开发及其应用》

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为了便于电泳技术检测目标InDel位点差异，选择生物信息学分析获得的大于20 nt的InDels，并结合其在棉花基因组上的位置信息，在这些位点附近选择合适的位点转化为InDel标记。本研究选取85个位点合成引物，用于检测InDel标记的多态性，其中有52对引物是棉花基因组At亚组的特异引物，33对是Dt亚组的特异引物。用85对引物分别扩增66个主栽棉花品种DNA，结果显示:64对引物能扩增出清晰的带型（其中部分引物信息见表2），在不同品种之间有明显的多态性。以引物JSC009、JSC071为例，在66个品种DNA中，均能扩增出3种带型:A/B/H（图1），且产物大小与预测结果相吻合。