《表1 森林草莓MYB基因家族信息分析》

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《森林草莓MYB家族鉴定及生物信息学分析》

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通过HMMER 3.0程序，利用125个拟南芥R2R3-MYB蛋白的DNA结合域序列构建隐马尔科夫模型，利用这个模型从森林草莓基因组中检索到127个蛋白序列含有2个及以上MYB重复单元。这些蛋白序列来源于110个基因，其中12个基因发生可变剪切事件。通过BLASTn程序比对NCBI的NR数据库对基因进行注释，发现1个含有4个MYB重复单元的基因为MYB4R，4个含有3个MYB重复单元的基因为MYB3R，剩下的105个含有2个MYB重复单元的基因为R2R3-MYB。通过ExPASy工具，对检索到的110个基因进行了蛋白质长度、分子量及等电点等生化属性分析（表1）。蛋白质生化属性分析发现，这些基因蛋白长度和大小差异较大，R2R3-MYB基因蛋白长度范围为128～577个氨基酸残基，等电点范围为4.82～10.19，推测的蛋白分子量范围为15～65 kD。MYB3R和MYB4R基因含有多个MYB重复单元，对应的蛋白长度相对较长，范围为375～1083个氨基酸残基，等电点范围为5.08～9.11，推测的蛋白分子量范围为42～119 kD。