《表4 谷子材料1号染色体与株高关联的SNPs位点》

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《不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析》

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将重测序开发的SNP标记与3个不同光周期条件下的株高数据进行关联分析，共检测到10 703个SNP位点与株高性状显著关联（P<0.000 1），其中海南种植区短日照条件与株高关联的SNP位点数量最多，为10 608个，且多数集中在1号染色体上（10 458个），其次是洛阳种植区中日照条件，关联的SNP位点数量为78个，吉林种植区长日照条件关联的SNP位点数量最少，为17个（图4）。在海南种植区短日照条件下关联的SNP位点在谷子的9条染色体上均有分布，在洛阳种植区中日照条件下关联的SNP位点分布在除3号、8号以外的其他染色体上，在吉林种植区长日照条件下关联的SNP位点分布在除2号、9号以外的其他染色体上。其中1号染色体上的3个标记（SNP13861443、SNP14872616、SNP18601830）在海南、洛阳2个种植区光周期条件下同时检测到，而在吉林种植区长日照条件下未检测到，这3个株高关联SNP位点分别位于1号染色体的13 861 443，14 872 616，18 601 830 bp处。其余SNP标记不能在2个或者3个光周期条件下同时检测到。因此，推定1号染色体可能存在中、短日照条件表达的控制株高的QTL位点，而在吉林种植区长日照条件下也在1号染色体检测到3个与株高关联的SNP位点（SNP8797106、SNP8797129、SNP9880380）（表4） ，说明谷子1号染色体可能存在对光周期具有不同反应的控制株高的QTL位点。