《表3 SNP类型统计：不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析》

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《不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析》

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98份谷子材料重测序获得序列与豫谷1号参照基因组比对，基因组覆盖率在86.10%～97.55%，测序深度在6.407 9～13.327 5倍，平均测序深度为6.8倍，表明基因组被覆盖地较均匀，测序的随机性较好。利用基因组重测序检测到900多万SNP位点，经过滤获得4 482 208个高质量的SNP标记，这些SNP标记有4 037 579个在基因间隔区，占所有标记总数的90%。剩余的SNP标记主要分布在内含子区域、转录起始位点的上游区域、基因下游区域，其相应数目为122 698，102 355，81 070。在外显子区域内的标记可以分为5种情况:非同义变异、终止密码子获得变异、终止密码子丢失变异、同义变异、未知变异，其数目分别为31 477，459，66，25 381，332个，共计57 715个。在非编码RNA区域内的标记也可根据位置可分为5种:非编码RNA外显子区域、非编码RNA内含子区域、非编码RNA 3'UTR、非编码RNA 5'UTR、非编码RNA剪接位点区域，其具体的SNP标记数目分别为14 371，28 855，39，21，101，共计为43 387（表3）。