《表2 ABC转运、双组份系统和核糖体代谢通路中差异表达基因》

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《禽巴氏杆菌四环素耐药株转录组测序与分析》

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将筛选出的442个差异表达基因进行GO功能分析，主要分为3个类别:分子功能（molecular function）、细胞成分（cellular component）、生物过程（biological process）。将442个差异表达基因通过GO富集得到69个GO条目，其中233个差异表达基因（大多数为下调表达）富集到排名前30的GO条目中（表1），差异表达基因主要集中于核糖体的结构成分、rRNA结合、电子载体活性、ATP酶活性介导物质的跨膜运动、周质空间、外膜周质空间、跨膜运输、多糖生物合成、离子转运等多个生物过程。除多糖生物合成外，其他生物过程多数富集于核糖体结合与细胞膜转运等功能，参与跨膜运输过程，表明Tet耐药可能与细胞膜运输功能及核糖体构型有密切关系。2.3.2差异表达基因的KEGG注释与富集性分析筛选得到的442个差异表达基因通过KEGG数据库共注释到20个通路类别，结果发现差异基因主要分布于整体概观图96个，膜运输40个，碳代谢35个，氨基酸代谢34个，辅助因子与维生素代谢26个，翻译过程24个，脂质代谢21个以及其他通路。442个差异表达基因通过KEGG pathway富集得到90个通路条目，其中有172个差异表达基因（大多数为下调表达）富集到排名前30的通路条目中（图2），而172个差异基因中有47个基因分布在ABC转运蛋白和核糖体代谢途径中。ABC转运蛋白中上调基因21个，下调基因8个；核糖体代谢途径中18个基因全为下调，说明禽源Pm四环素耐药机制可能与ABC转运蛋白和核糖体代谢途径有关。由于双组分系统通路中差异基因大多数为上调表达，且该系统可以起到调节ABC转运蛋白的作用，所以筛选出ABC转运蛋白和双组分系统中差异极显著的前16个过量表达基因，以及核糖体代谢途径中下调最显著的4个基因（表2）。