《表1 各模块的基本特征和拓扑属性》
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《基于转录组数据的网络分析挖掘鼻咽癌与口腔鳞癌的共享功能模块》
α值为估计的幂律分布的指数参数;P值为KS检验的P值。
利用Newman算法对最大子网进行分解,最终得15个节点数大于30的功能模块。表1列出了各模块的基本特征和拓扑属性。可以发现规模大的模块其包含的初始种子基因相对多,平均每个节点连接的边数也多。不同网络节点数相差也很大,最大的模块(M1)由196个基因(其中初始种子基因有18个)及270条边,平均每个节点含有1.4条边,然而最小的模块(M14和M15)由34个基因(其中初始种子基因分别有3个和9个)和34条边组成,平均每个节点含有1条边。这些模块的拓扑属性接近,网络直径变化范围在4~9,特征路径长度均小于6,符合“六度分离理论”[8],各模块的指数参数α估计值在2~3之间,符合生物学上无标度网络的常见表现。本研究对节点连通度是否符合幂律分布进行KS拟合优度检验,检验结果显示各模块的连通度均近似服从幂律分布(P>0.05),支持了各模块的无标度性,可认为是无标度网络。
图表编号 | XD0045286100 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.02.01 |
作者 | 陈应坚、廖苑君、林帆、孙胜南、赵小蕾、覃继恒、饶绍奇 |
绘制单位 | 广东医科大学公共卫生学院、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学公共卫生学院、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学公共卫生学院、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学公共卫生学院、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学医学系统生物学研究所、广东医科大学医学系统生物学研究所 |
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