《表2 单细胞转录组分析技术的特点》

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《单细胞技术在干细胞组织修复与药物研发中的应用》

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scRNA-Seq:单细胞RNA测序；SRTR:单细胞标记逆转录测序；SMA:半随机引物PCR mRNA转录组扩增；PMA:基于Phi29 DNA聚合酶的mRNA转录组扩增；CEL-Seq:细胞表达的线性放大和测序；inDrop:索引液滴；LNA:锁核酸；UMI:独特分子标识符。sc RNA-Seq:single-cell RNA sequencing；SRTR:single-cel

利用单细胞转录组技术能够获得转录本的精确表达量，确定转录本的精确序列，解析细胞的异质性，鉴定复杂组织中的不同细胞类型，使人们能够对细胞有全面的认识[5-6]。单细胞转录组技术由Tang等[7]首次引入，随后，单细胞转录组技术不断涌现出新的方法（表2）。为了简化步骤，近期研究人员设计了直接的RNA测序（the direct RNA-seq），该技术利用纳米孔测序平台，绕过了逆转录和扩增步骤，产生全长的链特异性序列，能够直接检测RNA中的核苷酸类似物[8]。为了对细胞群体有全面的认识，需要同时分析大量的细胞，提高分析通量可利用条码法或者基于微流控芯片的高通量单细胞定量聚合酶链式反应（polymerase chain reaction，PCR）分析平台。Cyto Seq技术使用带有细胞和分子条码捕获探针的珠子的组合文库，重建数千个单细胞的数字基因表达谱，可以同时分析数千个细胞，甚至可扩展到10 000或100 000个细胞[9]。另外，Datlinger等[10]将基因组编辑技术（clustered regularly interspaced short palindromic repeats，CRISPR）与单细胞RNA测序技术整合在一起，开发了新技术CRISPR液滴测序（CRISPR droplet sequencing，CROP-seq），通过构建出让单细胞测序实验可视化的CRISPR gRNA病毒载体，再结合最新的用于单细胞RNA测序的液滴方法，可同时研究上千个细胞的基因调控，实现在规模和细节上高通量分析基因调控。但是，以上方法不可避免地丢失细胞空间位置信息，荧光原位RNA-Seq技术迈出了重要一步，该技术利用交联剂将cDNA固定于原位，但存在不够灵敏和核糖体RNA影响等问题[11]。最近还报道了单细胞空间转录组测序新技术—Geo-Seq，该技术通过整合优化单细胞测序和激光显微切割技术，获得了空间位置信息的少量细胞转录组图谱，可应用于外源的多能干细胞或者胚胎组织细胞，将未知来源的干细胞定位于体内胚胎的相应部位[12]。