《表2 主要的WGA方法比较》

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《单细胞全基因组扩增技术与应用》

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De Bourcy等[34]对MDA、MALBAC和PEP三种单细胞扩增方法作了定量比较，发现MDA的扩增均匀性与扩增产率成反比，而MALBAC和PEP则不明显.当扩增产率高于106时，MDA的覆盖率最低；当扩增产率大于2.5×103时，MDA检测CNV效果较差；当扩增产率小于5×106时，3种方法的从头测序（de novo）拼接效果无差异.聂等[42]发现，MDA技术不适合用于短串联重复序列（short tandem repeat，STR），等位基因缺失和伪等位基因严重，相比之下PEP技术分型准确率较高，但其对小片段的扩增偏倚性可能会导致大片段扩增失败.在单细胞水平上对成纤维细胞样品进行低深度高通量测序，比较MALBAC和MDA这两种方法的染色体拷贝数变异（CNV）检测率和等位基因丢失率（allele dropout，ADO）的系数[43].结果CNV检测的成功率在MALBAC组为100%，在MDA组为91.67%，MALBAC组CNV检测的变异系数明显优于MDA组.在MALBAC组中等位基因检测的总ADO率为4.55%，显著低于MDA组中观察到的22.5%.当5个或更多个细胞作为初始模板时，MDA的ADO率显著降低，以致于这两种方法之间的差异变得不明显.利用MALBAC和MDA两种WGA方法对β-地中海贫血基因分型和单核苷酸多态性进行CNV检测[44]，并统计分析了两种方法之间的扩增效率、阳性预测值、灵敏度和ADO值.发现MDA的扩增率和ADO率均优于MALBAC，MDA的敏感性和阳性预测值均高于MALBAC，证实MDA比MALBAC更适合用于SNP检测.然而，在单细胞水平上使用低深度NGS进行CNV检测时，MALBAC比MDA更稳定和均一.因此MALBAC更适合于CNV检测，而用MDA对SNV检测会好得多.谢晓亮教授团队[36]对比了LIANTI、MDA、MALBAC和DOP-PCR方法，结果表明，LIANTI扩增效率及均匀性是最优的，并且基因组覆盖率可达到97%，是目前CNV检测最准确的方法.SISSOR技术利用双链共有序列和长亚单倍体片段组装，同时提供比使用类似单细胞扩增和测序平台的其他技术更高的每碱基测序准确度和更长的单倍型.长片段读取方法[45]通过比较来自许多细胞的多个单链文库的共有序列来减少错误，而SISSOR技术利用仅来自单个细胞的两个互补链的共识来进行错误校正，是迄今为止最精确的单细胞基因组测序[41].关于各种方法之间的简易比较我们列于表2中.