《表1 HBV新亚型与其他D亚型 (D1-D10) 全基因核苷酸序列的差异》
注:表中数据表示各亚型间核苷酸序列差异的大小%(x±SD)。
共得到HBV全长基因序列30条,2011年标本经克隆、测序获得的15条序列命名为:NP137Q-1、NP137Q-2、NP137Q-3、NP137Q-4、NP137Q-5、NP137Q-6、NP137Q-7、NP137Q-8、NP137Q-9、NP137Q-11、NP137Q-12、NP137Q-14、NP137Q-15、NP137Q-17、NP137Q-20。2018年标本经克隆、测序获得的15条序列命名为:NP137-1、NP137-2、NP137-3、NP137-4、NP137-5、NP137-6、NP137-7、NP137-8、NP137-9、NP137-10、NP137-11、NP137-12、NP137-13、NP137-14、NP137-15。在NCBI GenBank检索到涵盖A—I的9个基因型共48条HBV全基因参考序列,采用邻位连接法对所获得的序列构建系统进化树。见图1。结果30个克隆株中有23个聚集在一起,Boostrap值为100%,提示这23条序列可能为新的亚型。基于全基因组核苷酸序列,计算其与D基因型其他亚型(D1-D10)的核酸差异,发现几乎都超过4%,因此将该新亚型命名为D11亚型。见表1。NP137Q-1、NP137Q-3、NP137Q-4与B2亚型所在的簇聚集在一起,Boostrap值为81%,提示这3个毒株为B2亚型。NP137Q-6、NP137Q-7、NP137Q-9、NP137Q-20与B基因型所在的簇聚集在一起,Boostrap值为99%,但这4个毒株位于B型簇的最外侧,提示其可能存在基因重组,为未知基因型毒株。2018年收集的标本所获得15个克隆株均为D11亚型,2011年收集的标本所获得15个克隆株有8个为D11亚型,3个为B2亚型,4个未能分型。
图表编号 | XD0032571300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.04.25 |
作者 | 任创创、陈钦艳、王学燕、杨庆利、胡莉萍、刘华兵、何翔、贾蕙华、方钟燎 |
绘制单位 | 广西医科大学基础医学院、广西医科大学基础医学院、广西医科大学基础医学院、广西医科大学基础医学院、广西壮族自治区疾病预防控制中心广西病毒性肝炎防制研究重点实验室 |
更多格式 | 高清、无水印(增值服务) |