《表1 CDOCKER、LIBDOCK和GOLD对接中的参数设置 (未列出的参数均使用程序的默认值)》

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《基于计算机虚拟筛选技术寻找NDM-1抑制剂》

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我们采用分子对接的虚拟筛选方式，利用D i s c o v e r y S t u d i o（D S）2.5和G O L D 3.0两个软件进行受体与配体间的分子对接筛选（DS中仅应用“CDOCKER”与“LIBCOCK”两个对接模块）。将预处理后的天然产物化合物分子构象，基于CDOCKER的柔性对接方法、LIBCOCK的刚性对接方法和GOLD 3.0的遗传算法进行受体与配体的分子对接虚拟筛选，将分子对接得到复合物结构作为初步虚拟筛选的结果，而后进行复合物的能量优化与进一步的筛选。各对接方法的简要流程如下，具体参数设置见表1。