《表7 ALX4基因5个SNPs位点单倍型组合频率》

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《绒山羊ALX4基因多态性与绒毛性状相关性分析》

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利用Haploview4.2、PHASE2.0软件对ALX4基因3'-UTR区SNPs （SNP2，SNP3，SNP4，SNP5和SNP6）进行连锁不平衡及单倍型分析。由图3可知，ALX4基因3'-UTR区5个SNPs可以构建出2个单倍型块，SNP2、SNP3和SNP4组成Block1，SNP5和SNP6组成Block2。Block1中3个SNPs处于强连锁状态（D'>0.85），Block2中2个SNPs也处于强连锁状态（D'>0.85）。利用PHASE2.0软件总共构建出12种单倍型，有4种单倍型频率>5%（表6），分别为：H1 （TCCAA，20.384%）、H4 （TCCGG，15.029%）、H7 （TCGGG，38.498%）和H12 （CTGGG，22.248%），将ALX4基因5个SNPs的单倍型组合，存在9种频率>5%的单倍型组合（表7）。将这9种单倍型组合与绒毛性状进行关联分析，结果见表8、表9。ALX4基因5个SNPs的不同单倍型组合与毛长性状显著相关（P<0.05），H1H1个体毛长显著高于HIH7、H1H12、H4H7和H7H7 （P<0.05）；H1H4个体毛长显著高于H7H7 （P<0.05），其他单倍型组合对绒毛性状均没有显著影响（P>0.05）。