《表2 乳腺康中活性成分及目前临床报道有效化学药与酪氨酸激酶的结合能》

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《基于网络药理学和设计空间的乳腺康提取工艺研究》


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先从RSCB PDB数据库(https://www.rscb.org/)下载酪氨酸激酶(tyrosine kinase,TK,PDB ID:2B4S)的3D结构的pdb格式文件,运用Discovery Studio 2020 Client软件移除靶蛋白中的非蛋白分子和配体再保存为pdb后缀的文件[12]。从Pub Chem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载关键成分2D结构的sdf格式文件。利用Py Rx软件先上传去水加氢后的蛋白质文件,将其转化为pdbqt格式文件,再上传化合物文件使其能量最小化,并将其转化为pdbqt格式文件,最后运用vina进行对接[13]。结合能<0说明配体与受体可以自发结合,研究选取结合能≤-5 k J/mol[14]的活性成分作为乳腺康的筛选依据。一般认为配体与受体结合的构象越稳定时能量越低,发生作用的可能性越大。本研究分子对接结果显示,与酪氨酸激酶结合能量较低的化合物分别是蒲公英赛醇(结合能为-36.40 k J/mol)等,以结合能≤-5 k J/mol为筛选标准,可知,乳腺康中主要活性成分与酪氨酸激酶结合能远小于-5 k J/mol,如表2所示。由此可见,乳腺康中核心成分与酪氨酸激酶形成构象能量低,结构稳定,结合活性高。根据分子对接结果,查阅相关文献报道[21-23]及依据《中国药典》2020年版一部中对药材指标性成分规定,最终确定川陈皮素、甘草查尔酮A、橙皮苷、甘草酸铵、咖啡酸为乳腺康质量控制的活性成分群。