《表1 不同化合物与靶蛋白VEGFR-2的结合能(PDB:5EW3)》

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《齐墩果酸硫脲类衍生物的合成及以VEGFR-2为靶点的分子对接研究》

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M VD软件能够通过函数打分形式，预测并计算蛋白质与小分子配体的相互作用，评分数值的绝对值越大表明化合物与受体亲和力越好[19]，齐墩果酸及其衍生物与VEGFR-2靶蛋白分子对接结果见表1．结果表明化合物与VEGFR-2靶蛋白（PDB编号:5EW3）的结合能均高于先导化合物齐墩果酸，其中化合物Ⅰ5和Ⅰ6的结合能较高，分别为-554.73 kJ/mol和548.73 kJ/mol，同索拉菲尼与靶蛋白的对接结合能相当．索拉菲尼是一种小分子VEGFR-2抑制剂，通过分子虚拟对接方法研究与VEGFR-2靶蛋白（PDB编号:5EW3）的相互作用（图2），分子对接结果表明索拉菲尼与VEGFR-2靶蛋白氨基酸残基之间形成多个牢固的氢键，与靶蛋白产生较大结合力．化合物Ⅰ5与靶蛋白的分子虚拟对接结果（图3）表明Ⅰ5能较好地插入靶蛋白的活性口袋中，其中酯基、硫脲基和苯环取代基苯环上的氟取代基与氨基酸残基（VAL A:899，HIS A:895，ARG A:1027）紧密结合，形成牢固的氢键；同时，化合物Ⅰ5还可通过π—σ键、π—烷基键和碳氢键等与VEGFR-2靶蛋白的多个氨基酸残基（GLY A:893、ASN A:900、IEL A:892、HIS A:1082、ALA A:881、HIS A:894）结合．